探索ミッションは他の通常ステージと大きく異なり、アクションゲームに近い操作になる。与えられた少数のユニットを細かく操作して敵を倒し、最深部にある物体を回収して帰還しなければならない。途中にある机や箱、ロッカーにも物が隠されていて、調べると帝国ポイントや研究ポイントを得ることができる。これらのポイントは新しい技術を解禁したり、他のステージの攻略を楽にするために必要なものなので、面倒だが飛ばさずにプレイしていこう。
最初に主人公となる「英雄」を選択する必要がある。男性のカエルスと、女性のカリオペ。どちらも特殊部隊員で、ホラーとしか思えない任務をしっかりとこなすエリートだ。カエルスは戦闘力が高いものの移動力や攻撃速度が低く、逆にカリオペは素早いが射程が短く打たれ弱い。操作感としては、カエルスはスナイパー、カリオペはレンジャーを操作するようなイメージだ。英雄は後から変更することはできないが、成長させて欠点を補ったりできるので好みで選んで構わない。
Lv.1 ザ・ラスト・バンカー
「秘密の谷」をクリアすると登場する、最初の探索ミッション。簡単なステージなのでさっさとクリアして、研究ポイントで農場やソルジャーを解禁してから次のステージに進むのがおすすめ。
通常とだいぶ異なるステージとはいえ、ユニットの操作方法は普段と一緒だ。ユニットを選択し、移動させ、敵を倒して進んでいく。次の部屋に進むとき、ドアの先にはゾンビが待ち構えていることが多い。進む前に現在地の安全を確保し、必要に応じて後退しながら戦うようにしよう。戦う際は、最大限距離をとって戦うこと。先に進むとソルジャーがいて、接近すると仲間に加わってくれる。全ユニットを選択した状態でR1＋L1ボタンを同時押しすると部隊を左下に登録することができる。R1ボタンを押すだけで簡単にまとめて選択できるようになるので、常に一緒に行動させよう。
マップ中にはドラム缶が落ちているが、これは撃つと爆発する。うまく利用してゾンビの集団を効率的に倒していこう。ドラム缶は持ち歩くこともできる。ただし、味方も近くにいれば爆発に巻き込まれるし、爆音が響くので他の敵を引き寄せることにもなる。案外使いづらいので後方にでも置いておいて、もしゾンビの大群に追いかけられたらそこを通過し、振り返って爆発させるという保険のような使い方がおすすめ。
最深部にある古代のアーティファクトを入手して入口まで戻ればクリアだが、戻る前にすべてのポイントを探し出すようにしよう。実は探索ミッションで一番厄介なのはこの作業だったりする。なかなか全部探すのは大変なのだ。物が隠されている場所にカーソルを合わせると色が変化するので、根気よく探してからクリアするようにしよう。
Lv.1 アルファ通信センター
こちらは「クロスロード」をクリアすると登場するステージ。敵の数が多く、強力な敵もいるが、途中でスナイパーを仲間にできる。早めに合流できれば割と簡単に攻略できるはずだ。
まず施設に入ると右側にドアがあるが、この先にはデブゾンビがいるので接近してはならない。一人でこいつと戦うのは大変だが、スナイパーを仲間にしてからなら簡単に倒すことができる。後回しにしよう。スナイパーが仲間になった後は余裕ができるが、敵の数も多いので慎重に進むことは変わらない。敵と十分に距離をとって、射程の長いスナイパーの特性を活かすようにしよう。
他にも手榴弾とドラム缶が活用できる。手榴弾はドラム缶とは異なり、投げつけるだけで即座に爆発してくれる優れもの。ゾンビの集団と出くわすのはドアを開けた直後がほとんどなので、まずは手榴弾を投げつければスムーズに進むことができる。ただし、手榴弾は危機に陥った時にも抜群の使い勝手を誇る。ある程度は温存しながら進めたほうがよい。
このステージは普通にやっていたら全部のポイントが探し出せない可能性が高い。なぜなら隠し通路のような場所があるからだ。一番奥の開けた場所の西側を調べると、端っこから森へと入れる隙間がある。その先に行くと木の障壁が設置されている。木の障壁はドラム缶を爆破させれば壊すことができる。
Lv.2 武器工場
「狩人の草原」をクリアすると登場するステージで、レベル2ではあるが難度は低め。先に挑戦しても構わない。武器工場の名前のとおり、いろいろな兵器を開発していた工場のようだ。内部にはワスプや地雷が設置されているので、これを活用して戦っていけばよい。仲間はいないので、丁寧に操作してゾンビを誘導しなければならない。
施設に入ったら奥のドアに直行しよう。そこにはワスプ（自動機関銃）がいくつも置いてある。ゾンビをここに連れてくれば、ワスプが全部倒してくれる。ワスプは人間を撃ったりはしないので、安心して頼ろう。ワスプに誘導できないくらい遠い場所では、自分で戦わなければならない。そのために手榴弾は温存しておき、必要な場所では積極的に使っていこう。
ワスプの部屋から北へ進むと、地雷原がある。この地雷もゾンビにだけ反応するという優れ物。地雷原の北にはデブゾンビがたくさんいるので、面倒だが1体ずつ誘導して地雷で倒していこう。ワスプと地雷原をきちんと使えば、さほど難しいマップではない。ポイントも割と探しやすい方である。
Lv.2 鋳物工場
「ローランド」をクリアすると登場する。工場の随所に溶岩がこぼれている。当然、触れればダメージを受ける。これはプレイヤーもゾンビも一緒なので、うまく誘導すればゾンビを次々と焼き殺すことも可能だ。とはいえ、うまく誘導するのは大変。ゾンビの数が多く、しかも走るゾンビが多い。助けてくれる仲間もいないし、医療キットも少なめ。特別なことは何もないが、難度は高い。
古代のアーティファクトはいったん施設の外側から回り込んでいかなければならない場所にある。ゾンビは接近すると何体も同時に走ってくる。複数を同時に相手するのは危険なので、危ないと思ったら逃げよう。遠くまで。そうすると、1体ずつ追いかけてこないゾンビが出てくる。こうして分散させたら、1体ずつ着実に葬っていこう。
Lv.3 水力発電所
水力発電所のゾンビを一掃する。仲間がいないので難度は高い。内部には発電機があり、電源を入れることで敵を感電させて倒すことができる。これを利用しないとクリアは難しいので、積極的に活用していこう。特に扉を開く際には、近くに操作盤があるかを確認しておき、すぐに部屋の電源を入れるようにしたい。ただし発電機からはこちら側もダメージを受けることと、思ったほどはゾンビを倒してくれないという問題がある。発電機を過信して追い詰められることがないようにしたい。
北西の部屋にはワスプが置いてある。これも同じ部屋の操作盤で電源を入れないと動かない。しかしこの部屋を確保すれば間違いなく安全になる。危険を感じたらワスプの部屋に逃げ込むようにして戦おう。
Lv.3 刑務所
途中で味方になるルシファー2体が強すぎるステージ。とにかくルシファーとの合流を目指し、合流後は彼らに全部任せよう。耐久力が高く、複数の敵を一気に倒せるため楽にクリアできる。とはいえすぐに合流できるわけではないので、頑張って敵を倒していこう。まず正面の入り口に接近すると、助けを求める声が聞こえる。入り口は崩壊していて通れないので、外側を探索して入れる場所を探していく。ルシファーの位置は最初から表示されているので、余計なドアを開けたりせずにまずは合流を目指そう。手榴弾は合流までに遠慮なく使ってしまっても構わない。
合流後はルシファーを盾にして進んでいこう。このとき、できるだけ離れていた方がよい。そうしないと振り向きざまに焼き殺されることがある。ルシファーは体力が多く、多少敵に囲まれたくらいではビクともしない。英雄は後方の処理に専念しよう。しかし、こんなに強いのになぜルシファーたちは助けを待っていたのだろうか。謎である。
Lv.3 ガンマ医療センター
仲間もいないし、マップ上の利用できる罠も存在しない厄介なステージ。感染者を治療したり、人体実験をしていたと思われる病院が舞台。ホラーゲームならさぞかし怖いだろうが、They Are Billionsは全然怖くない。病棟は4つあり、他は公園になっているようだ。ゾンビが固まって大量にいるので少しずつ削っていかなければならないが、ちょっと手を出せば大勢がこちらに走ってくる始末。逃げながら攻撃するようにしないとHPがいくつあっても足りないだろう。こうしてマップを行ったり来たりさせられることになる。シミュレーションゲームなのにこれはどうなのだろうか。
建物内部にはハーピーなどの強力なゾンビが待ち構えている。一定のダメージを受ける覚悟で対峙しなければならない。手榴弾をある程度は入手できるが、最後の建物にもゾンビはぎっしりなので温存しておく必要がある。
Lv.4 鉄の要塞
単純な作りのマップだが、たくさんのゾンビが一斉にやってくるので大変なステージ。マップの随所に土嚢や障壁が置いてあるので、活用しながら戦おう。建物に入ったら西側の部屋へ向かうとドラム缶がたくさん置いてある。面倒だがこれをひとつひとつ持ち運んで利用していこう。西側の部屋を制圧すれば、ある程度の安全地帯として活用することができる。少量のゾンビを倒し、西の部屋に逃げ込みつつドラム缶を拾い、少しずつ進出していこう。苦痛だがクリア後には大量の研究ポイントを入手できる。頑張っていこう。
Lv.4 オムニクロン研究所
ゾンビの標本が並ぶ研究所を探索する。主人公の気持ちになったら怖すぎるステージ。建物内部にはガラスの標本にされたゾンビがたくさんいる。近づくとガラスが割れて襲いかかってくるが、こちらから攻撃して自ら戦闘を挑むこともできる。標本の大部分はハーピーやベノムであり、攻撃力を強化してあれば攻撃を受ける前に倒すことができるが、強化してないと間違いなくダメージを受ける。そうなったらクリアは不可能だ。
攻略法としては英雄を事前にしっかり強化しておき、最大射程からガラスを割って1体ずつ倒していく他にない。頑張っていこう。なおマップには隠し通路などはないが、帝国ポイントと研究ポイントを探すのに苦労しやすい。目をこらして探すしかない。
Lv.5 フェニックス計画
最後の探索ミッション。最初から中央通路と最終区画の中が見えている。ハーピーやベノムが大量に待ち構えており、扉を開けたら即死すること間違いなし。幸い、このステージには頼りにできる仲間がいる。まずは仲間と合流しよう。仲間の位置はミニマップに最初から表示されているが、最短距離で合流はできない。順番としては、右下、左下、左上の順に合流していくことになる。建物に入ったら右側の扉から進んでいこう。すると建物の壁が壊れており、外に出ることができる。ここを進んでいくと仲間が立てこもる要塞にたどり着く。
合流できたら今度は左側の扉から外へ出る。飛行機が燃えているが無視して仲間の表示されている位置へ向かおう。中央の敵だらけの通路はずっと無視してよい。実は最後にまとめて倒せるトラップが用意されているので、戦う必要はないのだ。さらに進んでいくと、放射能（？）で汚染された部屋がある。ユニットがダメージを受けることはないので、中に入っていこう。すると変な格好をしたやつが待っている。ここでミュータントを味方にできる。
ミュータントは近接攻撃しかできないのでダメージを受けやすいが、体力が高く移動も速いので、とても頼りになる。ミュータントを壁にするようにして敵を倒していこう。中央通路はトラップでほぼ一掃できるが、最後の部屋はそうはいかない。ミュータントを壁にしながら、慎重に敵を減らしていこう。